La recherche

LA RECHERCHE ET LE CORONAVIRUS : un vrai feuilleton !

Saison 3 : Le diagnostic biologique de la Covid-19, toute une histoire…
Saison 2

Introduction : Pourquoi faut-il diagnostiquer l’infection à SARS-CoV-2 ?

  1. Pour savoir si une personne est porteuse d’une forme active du virus : c’est le test RT-PCR qui met en évidence le génome du virus sur le prélèvement nasopharyngé (coton-tige dans le nez). Lorsque le test est positif :
  • La personne est potentiellement contaminante, même si elle ne présente pas de symptômes, c’est pourquoi elle doit être isolée des personnes saines. C’est particulièrement important depuis le début du déconfinement puisque les contacts se multiplient.
  • La personne peut nécessiter des soins spécifiques dont la mise en œuvre peut être vitale pour elle.
  1. Pour savoir si une personne présente dans son sang la trace du passage du virus, les anticorps : ce sont les tests sérologiques. Lorsque le test sérologique est positif :
  • La personne a eu le Covid-19 quelques semaines avant la prise de sang.
  • Elle n’est pas contaminante : elle peut travailler, avoir des relations sociales…
  • Elle est probablement immunisée pour quelques mois et ne peut donc pas déclencher à nouveau le Covid-19.

Ce test sérologique a également un intérêt épidémiologique (pour savoir qui a réellement été infecté).

Date : 10/06/2020 

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Épisode 1 : La RT-PCR pour diagnostiquer les porteurs du virus SARS-CoV-2

Quels que soient les agents infectieux, la technique la plus performante pour mettre en évidence leur présence dans un échantillon biologique est la recherche de leur génome, ADN ou ARN, par la technique de PCR (Polymerase Chain Reaction) ou amplification génique en français. Cette technique peut rapidement être mise au point quand on connaît tout ou partie des gènes de l’agent infectieux, grâce au séquençage de son génome (→ voir la saison 1, épisodes 2 et 3).

C’est ainsi que la mise au point du test de dépistage du SARS-CoV-2 a été le direct prolongement du séquençage de son ARN : dès janvier 2020, une équipe allemande développe l’un des premiers tests de RT-PCR, le protocole proposé par l’Institut Pasteur est diffusé par l’OMS le 2 mars, tandis que de nombreux autres laboratoires dans le monde développent simultanément des tests qualitatifs et quantitatifs.

  1. Le prélèvement nasopharyngé

Il doit être parfaitement réalisé, sinon il peut y avoir de faux négatifs (→ voir notre article Tests Covid-19).

  1. L’extraction de l’ARN viral

Cette étape dure une à deux heures. Elle consiste à libérer l’ARN de tout ce qui l’entoure dans la particule virale, à le purifier grâce à des solvants avant de le remettre en suspension dans de l’eau.

  1. Passage de l’ARN à l’ADN ou pourquoi on parle de RT-PCR

La PCR est une technique qui sait amplifier l’ADN (ce qui est pratique pour les virus à ADN, les cellules de mammifères…) mais pas l’ARN. Pour les virus à ARN, il faut donc introduire une étape supplémentaire pour transformer l’ARN en ADN grâce à une enzyme : la Reverse Transcriptase (RT).

  1. Amplification de l’ADN : la PCR ou Réaction de Polymérisation en Chaîne

Si le virus était initialement présent dans le prélèvement, l’ADN résultant de l’étape précédente va se multiplier de manière exponentielle :  grâce à l’amplification qui a lieu dans le thermocycleur, au cours de chaque cycle, un brin d’ADN en crée un second, etc. :

  • L’ADN, qui ressemble à une fermeture éclair, est d’abord dénaturé par la chaleur : la “fermeture éclair” est ouverte afin de donner deux brins qui vont en donner deux autres.
  • Comme dans une fermeture éclair, chaque brin est complémentaire de l’autre : les bases A s’associent avec des bases T, et les bases G avec des bases C, il suffit de mettre une amorce spécifique de la séquence du virus pour initier le processus, c’est l’hybridation.
  • L’élongation est la dernière étape du premier cycle : chaque base A, T, G ou C de chaque brin est complétée par sa base complémentaire T, A, C ou G, ce qui constitue un nouveau brin et par conséquent une nouvelle fermeture éclair fermée !

Un cycle dure environ une minute, on le répète environ 45 fois, aussi on obtient environ 245 soit environ un milliard de copies du génome, d’où la grande sensibilité de cette technique.

  1. Interprétation des résultats

Si l’échantillon contenait du virus, on visualise la fluorescence du morceau d’ADN amplifié au cours des cycles et on la quantifie ; s’il n’en contenait pas, aucune fluorescence n’apparaît.

→ Voir la vidéo du Pr Geneviève Héry-Arnaud “Test de dépistage du Covid-19 : les étapes de l’analyse en laboratoire”.

  1. Avantages et inconvénients de la RT-PCR

Cette technique est très performante grâce à sa spécificité et sa sensibilité, proches de 100 %.

Cependant, sa fiabilité n’est que de 70 % environ car elle est tributaire de la qualité du prélèvement et de la présence du virus dans le nasopharynx. En effet, le virus migre parfois dans les poumons et n’est plus présent dans le nasopharynx.

Enfin, plus de la moitié du virus a disparu un mois après la contamination, grâce à la réaction immunitaire qui va être mesurable dans le sang (tests sérologiques).

Date : 10/06/2020

Source : The Conversation 22 avril 2020, who.int

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